Desde luego que se ven afectadas todas las poblaciones de microorganismos de suelo con cualquier input de nutrientes, ya sean inorgánicos de síntesis química u orgánicos.
Dos ejemplos fáciles de entender. Si a un suelo se le añade fósforo (P) en exceso, los hongos micorrícicos asociados a las plantas pierden parte de su función, que es proveer de este elemento químico a los vegetales, aunque seguirán aportando agua (si no está en exceso también) y otras sales minerales. De esta manera la micorrización será menor y los cultivos sufrirán más cuando por ejemplo falte el agua.
El otro ejemplo, sobre los mismos hongos, si utilizamos semillas o plantas tratadas con fungicidas para la siembra o trasplante, se verán afectados de igual manera que si fueran patógenos y también aquí se ha comprobado experimentalmente su disminución o incluso su desaparición en algunos casos.
Los aportes de materia orgánica compostada afectan de igual forma, pero incrementando estos hongos y bacterias, pero siempre será necesario un tiempo de espera hasta equilibrar este ecosistema
El equilibrio que existe entre la microbiota del suelo, hongos, algas, bacterias y otros es delicado y fácil de descompensar. Los suelos agrícolas sometidos a fertilización habitual tardan un tiempo en re-equilibrarse. Los abonos ácidos, tienen otras afecciones, pero no más específicas al parecer sobre algunas especies de bacterias en particular.
Respuesta de : Juan J. Barriuso Vargas - Escuela Politécnica Superior de Huesca - Universidad de Zaragoza - IA2