La Decisión de la comisión 652/2013/EU define las pautas para el establecimiento de programas de vigilancia que permitan el seguimiento y la notificación de la resistencia a antimicrobianos de las bacterias zoonóticas y comensales, y recomienda, en la medida de lo posible, el empleo de las muestras y/o aislados obtenidos en el marco de los programas nacionales de control ya existentes, como es el caso de los programas nacionales de control de Salmonella (PNCS) establecidos en avicultura (gallinas ponedoras, pollos de engorde y pavos de engorde).
El programa engloba el establecimiento de programas de vigilancia de zoonosis y resistencia a antimicrobianos de aquellos microorganismos/especies animales no incluidos en los PNCS pero incluidos en la Decisión 652/2013 (Campylobacter coli, C. jejuni, Escherichia coli indicador y E. coli productores de betalactamasas de espectro ampliado/pAmpC) y otras bacterias que decidan incluirse como Yersinia enterocolítica o Staphylococcus aureus meticilin resistente.
El Ministerio de Agricultura externaliza una parte de las actividades relacionadas con la vigilancia de resistencia a antimicrobianas, concretamente para la ejecución del Programa de vigilancia de resistencias a antimicrobianos se utiliza un contrato público que se adjudica por procedimiento abierto periódicamente. Desde el año de inicio del programa hasta la actualidad la realización del mismo, que incluye las siguientes actividades el diseño del programa, la toma de muestras, el aislamiento, la identificación y caracterización de microorganismos sometidos al programa de vigilancia, el análisis de datos obtenidos y formación continua de profesionales implicados en la resistencia a antimicrobianos, la ha venido realizando el Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria (Visavet). Anualmente se recopilan los resultados en un informe que se transmite a la Subdirección de Sanidad e Higiene Animal y Trazabilidad.